A már a rómaiak idején lakott településen 1333-ban plébániatemplom áll, ahol a török időkben is folyamatos a keresztény istentisztelet, s a hódoltság békésebb évtizedeiben a környék legjelentősebb települései közé tartozott. Ebből az időszakból származnak azok a legendák, amelyeket a ferencesek a 18. század közepén jegyeztek le. Ezek szerint Szent István korában bencés szerzetesek kápolnát építettek egy szláv eredetű Mária-szobor fölé. A szobor aztán eltűnt, majd egy csodatévő forrásnál remeték találtak rá. A 17. század második felében veszik kezdetüket a templomnál a Mária-jelenések. A siklósi ferences rendházfőnök 1698-ban kegyszobrot hoz a Kaproncáról, amelyet aztán a Rákóczi-szabadságharc idején el kell menekíteni Gyűdről – a későbbi tanúvallomások szerint a támadók ugyanis a szobrot el akarták pusztítani, ám ez több, egymást követő csodának köszönhetően nem sikerült. A kegyszobrot először a siklósi várban helyezték biztonságba, majd miután a várat beveszik a rác csapatok, a jószágkormányzó Eszékre szállította. Ez a szobor mindmáig az eszéki ferences templomban látható. 1706-tól újabb jelenések kezdődtek Gyűdön, ami a harcok idején is ébren tartotta a Mária-tiszteletet a környéken. 1713-ban Nesselrode Ferenc Vilmos pécsi megyéspüspök adományoz új kegyszobrot a kegyhelynek, amely ma is ott áll a főoltár trónusán. Az 1714. évi pécsi zsinaton már a „Szűz Mária csodás szobrával és templomával” ékesített Gyűdről írnak a források, ahová a csodás gyógyulások és a Mária-jelenések hírére egészen távoli vidékről érkeztek a hívek. A 18. század első harmadában Gyűd már nagy jelentőségű kegyhellyé válik – főképp 1737-38-as pestisjárvány idején érkezik ide nagyszámú hívő fogadalmi körmenetben a környékbeli településekről. Ezt követően létesül a ferences rendház, és magát a templomot is kibővítik. Ugyanakkor az évkönyvek tanúsága szerint a csodás gyógyulások folytatódnak: 1723 és1799 között 302 esetet jegyeztek föl. 1805-ben VII. Pius pápa búcsúkiváltságokkal látja el Máriagyűdöt, 1846-ban pedig Scitovszky János pécsi megyéspüspök hivatalosan is kegyhellyé nyilvánítja, és Gyűdön ismét önálló ferences residentia – nem teljes jogú rendház – létesül. 1860-ban helyezik el a domboldalban a Fájdalmas Anya szobrát, 1900-ban pedig a keresztény Magyarország 900 éves fennállása emlékére felállítják Kiss György cink korpuszával a jubileumi keresztet. Ebben az évben készül el a mai orgona is, melyet aztán többször bővítettek. 1927-ben kerül a templom mellé az Immaculata-szobor, 1937-38-ban pedig felállítják a szabadtéri oltárt.
